Package gov.nih.mipav.model.algorithms

Class NonnegativeMatrixFactorization.opt

java.lang.Object
gov.nih.mipav.model.algorithms.NonnegativeMatrixFactorization.opt
Enclosing class:
NonnegativeMatrixFactorization
class NonnegativeMatrixFactorization.opt extends Object

  • Field Details

    • not_store_infos

      boolean not_store_infos

    • metric_type

      String metric_type

    • max_epoch

      int max_epoch

    • f_opt

      double f_opt

    • tol_optgap

      double tol_optgap

    • verbose

      int verbose

    • store_sol

      boolean store_sol

    • batch_size

      int batch_size

    • permute_on

      boolean permute_on

    • x_init_robust

      boolean x_init_robust

    • calc_symmetry

      boolean calc_symmetry

    • calc_clustering_acc

      boolean calc_clustering_acc

    • clustering_gnd

      int[] clustering_gnd

    • clustering_classnum

      int clustering_classnum

    • clustering_eval_num

      int clustering_eval_num

    • disp_freq

      int disp_freq

    • special_nmf_cost

      boolean special_nmf_cost

    • alg

      String alg

    • norm_h

      int norm_h

    • norm_w

      int norm_w

    • alpha

      double alpha

    • delta

      double delta

    • myeps

      double myeps

    • d_alpha

      int d_alpha

    • d_beta

      double d_beta

    • sub_mode

      String sub_mode

    • inner_max_epoch

      int inner_max_epoch

    • beta0

      double beta0

    • eta

      double eta

    • gammabeta

      double gammabeta

    • gammabetabar

      double gammabetabar

    • momentum_h

      int momentum_h

    • momentum_w

      int momentum_w

    • scaling

      boolean scaling

    • warm_restart

      boolean warm_restart

    • inneriter

      int inneriter

    • init

      Jama.Matrix init

    • proj

      int proj

    • alpha0

      double alpha0

    • rho

      double rho

    • inner_max_epoch_parameter

      double inner_max_epoch_parameter

    • eit2

      long eit2

    • eit3

      long eit3

    • eps

      double eps

    • eps0

      double eps0

    • tol_grad_ratio

      double tol_grad_ratio

    • inner_nnls_alg

      String inner_nnls_alg

    • projnorm

      double projnorm

    • init_grad

      double init_grad

    • algo

      String algo

    • alg_name

      String alg_name

    • V

      Jama.Matrix V

    • W

      Jama.Matrix W

    • main_routine_mode

      boolean main_routine_mode

    • metric_param

      int metric_param

    • model

      int model

    • lambda

      double lambda

    • target

      double target

    • type

      String type

    • max_inner_iter

      int max_inner_iter

    • min_inner_iter

      int min_inner_iter

    • delta_tol

      double delta_tol

    • sim_mat

      Jama.Matrix sim_mat

    • stop_rule

      int stop_rule

    • normalize

      boolean normalize

    • precision

      double precision

    • r

      int r

    • U

      Jama.Matrix U

    • Cnorm

      int Cnorm

    • rep_mode

      String rep_mode

    • w_repeat

      int w_repeat

    • h_repeat

      int h_repeat

    • max_inneriter

      int max_inneriter

    • online

      boolean online

    • tolcostdegrease

      double tolcostdegrease

    • beta

      double beta

    • fast_calc

      boolean fast_calc

    • accel

      boolean accel

    • ls

      boolean ls

    • stepsize_ratio

      double stepsize_ratio

    • robust

      boolean robust

    • W_sub_mode

      String W_sub_mode

    • H_sub_mode

      String H_sub_mode

    • precon

      boolean precon

    • nesterov_maxit

      int nesterov_maxit

    • nesterov_func_type

      String nesterov_func_type

    • repeat_inneriter

      int repeat_inneriter

    • orth_h

      boolean orth_h

    • orth_w

      boolean orth_w

    • wo

      double wo

    • ard

      boolean ard

    • init_alg

      String init_alg

    • hyper

      NonnegativeMatrixFactorization.hyperparams hyper

    • use_seminmf_init

      boolean use_seminmf_init

    • relerr

      double relerr

    • betaW

      double betaW

    • betaH

      double betaH

    • gamma1

      double gamma1

    • gamma2

      double gamma2

    • FPGM

      boolean FPGM

    • sW

      double sW

    • sH

      double sH

    • colproj

      boolean colproj

    • w

      Jama.Matrix w

    • linrat

      double linrat

    • s

      double s

    • stepsizeW

      double stepsizeW

    • stepsizeH

      double stepsizeH

    • cost

      String cost

    • use_kuang_code

      boolean use_kuang_code

    • sigma

      double sigma

    • noneg

      boolean noneg

    • flag

      int flag

  • Constructor Details

    • opt

      public opt()