Package gov.nih.mipav.model.algorithms.registration.vabra

Class RegistrationUtilities

java.lang.Object
gov.nih.mipav.model.algorithms.registration.vabra.RegistrationUtilities
public class RegistrationUtilities extends Object

  • Nested Class Summary

    Nested Classes
    Modifier and Type
    Class
    Description
    static class 
    RegistrationUtilities.IndexedFloat
     
    static class 
    RegistrationUtilities.InterpolationType
     

  • Constructor Summary

    Constructors
    Constructor
    Description
    RegistrationUtilities()
     

  • Method Summary

    Modifier and Type
    Method
    Description
    static int
    calculateBin(double interval, double minVal, double val)
     
    static int[]
    calculateBoundingBox(ModelImage sub, ModelImage tar)
     
    static void
    DeformationFieldResample3DM(float[] oldDF, float[] newDF, int oldSizeX, int oldSizeY, int oldSizeZ, int newSizeX, int newSizeY, int newSizeZ)
     
    static void
    DeformImage3D(float[] im, float[] deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)
     
    static void
    DeformImage3D(ModelImage im, ModelImage deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)
     
    static void
    DeformImage3D(ModelImage im, ModelImage deformedIm, ModelImage DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)
     
    static double
    DoubleDistance(double z0, double y0, double x0, double z1, double y1, double x1)
     
    static void
    Histogram3D(float[] im, int numBin, int[] roi, int[] hist, int XN, int YN, int ZN)
     
    static void
    Histogram3D(float[] im, int channel, int numBin, int[] roi, int[][] hist, int XN, int YN, int ZN)
     
    static double
    Interpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)
     
    static double
    Interpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c, int type)
     
    static double
    Interpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)
     
    static void
    JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)
     
    static void
    JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[] jointHist, int XN, int YN, int ZN)
     
    static void
    JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int channel, int numBin, int[] roi, int[][][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)
     
    static double
    MI(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)
     
    static double
    NMI(int[][] histA, int[][] histB, int[][][] histAB, int channel, int numBin)
     
    static double
    NMI(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)
     
    static double
    NMI(int[] histA, int[] histB, int[] histAB, int numBin)
     
    static double
    NNInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static double
    NNInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)
     
    static double
    NNInterpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static boolean
    NNInterpolationBool(boolean[][][] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static int[]
    NNInterpolationLoc(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static int[]
    QKSort2(float[] arr)
     
    static float
    RBF(float r)
     
    static float
    RBF3D(int cx, int cy, int cz, int x, int y, int z, float scale)
     
    static double
    TrilinearInterpolateDefField(ModelImage defField, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)
     
    static double
    TrilinearInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static double
    TrilinearInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)
     
    static double
    TrilinearInterpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)
     
    static double
    VectorNormalization(double[] v, int n)
     

    Methods inherited from class java.lang.Object

    clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

  • Constructor Details

    • RegistrationUtilities

      public RegistrationUtilities()

  • Method Details

    • calculateBin

      public static int calculateBin(double interval, double minVal, double val)

    • JointHistogram3D

      public static void JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)

    • JointHistogram3D

      public static void JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[] jointHist, int XN, int YN, int ZN)

    • JointHistogram3D

      public static void JointHistogram3D(float[] imA, float[] imB, int channel, int numBin, int[] roi, int[][][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)

    • Histogram3D

      public static void Histogram3D(float[] im, int numBin, int[] roi, int[] hist, int XN, int YN, int ZN)

    • Histogram3D

      public static void Histogram3D(float[] im, int channel, int numBin, int[] roi, int[][] hist, int XN, int YN, int ZN)

    • DeformImage3D

      public static void DeformImage3D(float[] im, float[] deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)

    • DeformImage3D

      public static void DeformImage3D(ModelImage im, ModelImage deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)

    • DeformImage3D

      public static void DeformImage3D(ModelImage im, ModelImage deformedIm, ModelImage DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)

    • DeformationFieldResample3DM

      public static void DeformationFieldResample3DM(float[] oldDF, float[] newDF, int oldSizeX, int oldSizeY, int oldSizeZ, int newSizeX, int newSizeY, int newSizeZ)

    • DoubleDistance

      public static double DoubleDistance(double z0, double y0, double x0, double z1, double y1, double x1)

    • RBF

      public static float RBF(float r)

    • RBF3D

      public static float RBF3D(int cx, int cy, int cz, int x, int y, int z, float scale)

    • Interpolation

      public static double Interpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c, int type)

    • Interpolation

      public static double Interpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)

    • Interpolation

      public static double Interpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)

    • NNInterpolation

      public static double NNInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • NNInterpolation

      public static double NNInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)

    • NNInterpolationBool

      public static boolean NNInterpolationBool(boolean[][][] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • NNInterpolationLoc

      public static int[] NNInterpolationLoc(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • TrilinearInterpolation

      public static double TrilinearInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • TrilinearInterpolation

      public static double TrilinearInterpolation(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)

    • TrilinearInterpolation

      public static double TrilinearInterpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • NNInterpolation

      public static double NNInterpolation(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)

    • TrilinearInterpolateDefField

      public static double TrilinearInterpolateDefField(ModelImage defField, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)

    • QKSort2

      public static int[] QKSort2(float[] arr)

    • VectorNormalization

      public static double VectorNormalization(double[] v, int n)

    • NMI

      public static double NMI(int[][] histA, int[][] histB, int[][][] histAB, int channel, int numBin)

    • NMI

      public static double NMI(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)

    • NMI

      public static double NMI(int[] histA, int[] histB, int[] histAB, int numBin)

    • MI

      public static double MI(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)

    • calculateBoundingBox

      public static int[] calculateBoundingBox(ModelImage sub, ModelImage tar)