Package gov.nih.mipav.model.algorithms.registration.vabra

Class RegistrationUtilities

  • public class RegistrationUtilities
extends java.lang.Object

    • Method Summary

      All Methods Static Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      static int calculateBin​(double interval, double minVal, double val)  
      static int[] calculateBoundingBox​(ModelImage sub, ModelImage tar)  
      static void DeformationFieldResample3DM​(float[] oldDF, float[] newDF, int oldSizeX, int oldSizeY, int oldSizeZ, int newSizeX, int newSizeY, int newSizeZ)  
      static void DeformImage3D​(float[] im, float[] deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)  
      static void DeformImage3D​(ModelImage im, ModelImage deformedIm, float[] DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)  
      static void DeformImage3D​(ModelImage im, ModelImage deformedIm, ModelImage DF, int sizeX, int sizeY, int sizeZ, int type)  
      static double DoubleDistance​(double z0, double y0, double x0, double z1, double y1, double x1)  
      static void Histogram3D​(float[] im, int numBin, int[] roi, int[] hist, int XN, int YN, int ZN)  
      static void Histogram3D​(float[] im, int channel, int numBin, int[] roi, int[][] hist, int XN, int YN, int ZN)  
      static double Interpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)  
      static double Interpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c, int type)  
      static double Interpolation​(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int type)  
      static void JointHistogram3D​(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)  
      static void JointHistogram3D​(float[] imA, float[] imB, int numBin, int[] roi, int[] jointHist, int XN, int YN, int ZN)  
      static void JointHistogram3D​(float[] imA, float[] imB, int channel, int numBin, int[] roi, int[][][] jointHist, int XN, int YN, int ZN)  
      static double MI​(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)  
      static double NMI​(int[][] histA, int[][] histB, int[][][] histAB, int channel, int numBin)  
      static double NMI​(int[] histA, int[] histB, int[][] histAB, int numBin)  
      static double NMI​(int[] histA, int[] histB, int[] histAB, int numBin)  
      static double NNInterpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static double NNInterpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)  
      static double NNInterpolation​(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static boolean NNInterpolationBool​(boolean[][][] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static int[] NNInterpolationLoc​(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static int[] QKSort2​(float[] arr)  
      static float RBF​(float r)  
      static float RBF3D​(int cx, int cy, int cz, int x, int y, int z, float scale)  
      static double TrilinearInterpolateDefField​(ModelImage defField, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)  
      static double TrilinearInterpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static double TrilinearInterpolation​(float[] oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z, int c)  
      static double TrilinearInterpolation​(ModelImage oldV, int XN, int YN, int ZN, double x, double y, double z)  
      static double VectorNormalization​(double[] v, int n)  

      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

    • Constructor Detail

      • RegistrationUtilities

        public RegistrationUtilities()

    • Method Detail

      • calculateBin

        public static int calculateBin​(double interval,
                               double minVal,
                               double val)

      • JointHistogram3D

        public static void JointHistogram3D​(float[] imA,
                                    float[] imB,
                                    int numBin,
                                    int[] roi,
                                    int[][] jointHist,
                                    int XN,
                                    int YN,
                                    int ZN)

      • JointHistogram3D

        public static void JointHistogram3D​(float[] imA,
                                    float[] imB,
                                    int numBin,
                                    int[] roi,
                                    int[] jointHist,
                                    int XN,
                                    int YN,
                                    int ZN)

      • JointHistogram3D

        public static void JointHistogram3D​(float[] imA,
                                    float[] imB,
                                    int channel,
                                    int numBin,
                                    int[] roi,
                                    int[][][] jointHist,
                                    int XN,
                                    int YN,
                                    int ZN)

      • Histogram3D

        public static void Histogram3D​(float[] im,
                               int numBin,
                               int[] roi,
                               int[] hist,
                               int XN,
                               int YN,
                               int ZN)

      • Histogram3D

        public static void Histogram3D​(float[] im,
                               int channel,
                               int numBin,
                               int[] roi,
                               int[][] hist,
                               int XN,
                               int YN,
                               int ZN)

      • DeformImage3D

        public static void DeformImage3D​(float[] im,
                                 float[] deformedIm,
                                 float[] DF,
                                 int sizeX,
                                 int sizeY,
                                 int sizeZ,
                                 int type)

      • DeformImage3D

        public static void DeformImage3D​(ModelImage im,
                                 ModelImage deformedIm,
                                 float[] DF,
                                 int sizeX,
                                 int sizeY,
                                 int sizeZ,
                                 int type)

      • DeformImage3D

        public static void DeformImage3D​(ModelImage im,
                                 ModelImage deformedIm,
                                 ModelImage DF,
                                 int sizeX,
                                 int sizeY,
                                 int sizeZ,
                                 int type)

      • DeformationFieldResample3DM

        public static void DeformationFieldResample3DM​(float[] oldDF,
                                               float[] newDF,
                                               int oldSizeX,
                                               int oldSizeY,
                                               int oldSizeZ,
                                               int newSizeX,
                                               int newSizeY,
                                               int newSizeZ)

      • DoubleDistance

        public static double DoubleDistance​(double z0,
                                    double y0,
                                    double x0,
                                    double z1,
                                    double y1,
                                    double x1)

      • RBF

        public static float RBF​(float r)

      • RBF3D

        public static float RBF3D​(int cx,
                          int cy,
                          int cz,
                          int x,
                          int y,
                          int z,
                          float scale)

      • Interpolation

        public static double Interpolation​(float[] oldV,
                                   int XN,
                                   int YN,
                                   int ZN,
                                   double x,
                                   double y,
                                   double z,
                                   int c,
                                   int type)

      • Interpolation

        public static double Interpolation​(ModelImage oldV,
                                   int XN,
                                   int YN,
                                   int ZN,
                                   double x,
                                   double y,
                                   double z,
                                   int type)

      • Interpolation

        public static double Interpolation​(float[] oldV,
                                   int XN,
                                   int YN,
                                   int ZN,
                                   double x,
                                   double y,
                                   double z,
                                   int type)

      • NNInterpolation

        public static double NNInterpolation​(float[] oldV,
                                     int XN,
                                     int YN,
                                     int ZN,
                                     double x,
                                     double y,
                                     double z)

      • NNInterpolation

        public static double NNInterpolation​(float[] oldV,
                                     int XN,
                                     int YN,
                                     int ZN,
                                     double x,
                                     double y,
                                     double z,
                                     int c)

      • NNInterpolationBool

        public static boolean NNInterpolationBool​(boolean[][][] oldV,
                                          int XN,
                                          int YN,
                                          int ZN,
                                          double x,
                                          double y,
                                          double z)

      • NNInterpolationLoc

        public static int[] NNInterpolationLoc​(ModelImage oldV,
                                       int XN,
                                       int YN,
                                       int ZN,
                                       double x,
                                       double y,
                                       double z)

      • TrilinearInterpolation

        public static double TrilinearInterpolation​(float[] oldV,
                                            int XN,
                                            int YN,
                                            int ZN,
                                            double x,
                                            double y,
                                            double z)

      • TrilinearInterpolation

        public static double TrilinearInterpolation​(float[] oldV,
                                            int XN,
                                            int YN,
                                            int ZN,
                                            double x,
                                            double y,
                                            double z,
                                            int c)

      • TrilinearInterpolation

        public static double TrilinearInterpolation​(ModelImage oldV,
                                            int XN,
                                            int YN,
                                            int ZN,
                                            double x,
                                            double y,
                                            double z)

      • NNInterpolation

        public static double NNInterpolation​(ModelImage oldV,
                                     int XN,
                                     int YN,
                                     int ZN,
                                     double x,
                                     double y,
                                     double z)

      • TrilinearInterpolateDefField

        public static double TrilinearInterpolateDefField​(ModelImage defField,
                                                  int XN,
                                                  int YN,
                                                  int ZN,
                                                  double x,
                                                  double y,
                                                  double z,
                                                  int c)

      • QKSort2

        public static int[] QKSort2​(float[] arr)

      • VectorNormalization

        public static double VectorNormalization​(double[] v,
                                         int n)

      • NMI

        public static double NMI​(int[][] histA,
                         int[][] histB,
                         int[][][] histAB,
                         int channel,
                         int numBin)

      • NMI

        public static double NMI​(int[] histA,
                         int[] histB,
                         int[][] histAB,
                         int numBin)

      • NMI

        public static double NMI​(int[] histA,
                         int[] histB,
                         int[] histAB,
                         int numBin)

      • MI

        public static double MI​(int[] histA,
                        int[] histB,
                        int[][] histAB,
                        int numBin)

      • calculateBoundingBox

        public static int[] calculateBoundingBox​(ModelImage sub,
                                         ModelImage tar)