Package gov.nih.mipav.model.algorithms

Class StochasticForests.Data

    • Field Detail

      • variable_names

        protected java.util.Vector<java.lang.String> variable_names

      • num_rows

        protected int num_rows

      • num_rows_rounded

        protected int num_rows_rounded

      • num_cols

        protected int num_cols

      • snp_data

        protected char[] snp_data

      • num_cols_no_snp

        protected int num_cols_no_snp

      • externalData

        protected boolean externalData

      • index_data

        protected int[] index_data

      • unique_data_values

        protected java.util.Vector<java.util.Vector<java.lang.Double>> unique_data_values

      • max_num_unique_values

        protected int max_num_unique_values

      • i

        int i

      • no_split_variables

        protected java.util.Vector<java.lang.Integer> no_split_variables

      • is_ordered_variable

        protected java.util.Vector<java.lang.Boolean> is_ordered_variable

      • permuted_sampleIDs

        protected java.util.Vector<java.lang.Integer> permuted_sampleIDs

    • Constructor Detail

      • Data

        public Data()

      • Data

        public Data​(java.util.Vector<java.lang.String> variable_names,
            int num_rows,
            int num_cols)

    • Method Detail

      • dispose

        public void dispose()

      • get

        public abstract double get​(int row,
                           int column)

      • getVariableID

        public int getVariableID​(java.lang.String variable_name)

      • addSnpData

        public void addSnpData​(char[] snp_data,
                       int num_cols_snp)

      • loadFromFile

        public boolean loadFromFile​(java.lang.String filename)

      • loadFromFileOther

        public boolean loadFromFileOther​(java.io.BufferedReader input_file,
                                 java.lang.String header_line,
                                 java.lang.String separator)

      • getAllValues

        public void getAllValues​(java.util.Vector<java.lang.Double> all_values,
                         java.util.Vector<java.lang.Integer> sampleIDs,
                         int varID)

      • getMinMaxValues

        public void getMinMaxValues​(double[] min,
                            double[] max,
                            java.util.Vector<java.lang.Integer> sampleIDs,
                            int varID)

      • sort

        public void sort()

      • reserveMemory

        public abstract void reserveMemory()

      • set

        public abstract void set​(int col,
                         int row,
                         double value,
                         boolean[] error)

      • getUnpermutedVarID

        public int getUnpermutedVarID​(int varID)

      • getPermutedSampleID

        public int getPermutedSampleID​(int sampleID)

      • getIndex

        public int getIndex​(int row,
                    int col)

      • getUniqueDataValue

        public double getUniqueDataValue​(int varID,
                                 int index)

      • getNumUniqueDataValues

        public int getNumUniqueDataValues​(int varID)

      • getVariableNames

        public java.util.Vector<java.lang.String> getVariableNames()

      • getNumCols

        public int getNumCols()

      • getNumRows

        public int getNumRows()

      • getMaxNumUniqueValues

        public int getMaxNumUniqueValues()

      • getNoSplitVariables

        public java.util.Vector<java.lang.Integer> getNoSplitVariables()

      • addNoSplitVariable

        public void addNoSplitVariable​(int varID)

      • getIsOrderedVariable

        public java.util.Vector<java.lang.Boolean> getIsOrderedVariable()

      • setIsOrderedVariableString

        public void setIsOrderedVariableString​(java.util.Vector<java.lang.String> unordered_variable_names)

      • setIsOrderedVariable

        public void setIsOrderedVariable​(java.util.Vector<java.lang.Boolean> is_ordered_variable)

      • isOrderedVariable

        public boolean isOrderedVariable​(int varID)

      • permuteSampleIDs

        public void permuteSampleIDs​(java.util.Random random)